分子标记数据库用于收录不同群体所构建遗传图谱中的各类分子标记信息，不同的分子标记有不同的属性。目前主要收录的是SSR标记和InDel标记。

分子标记数据库在“十一五”期间，完成数据库结构和控制程序的设计。在此基础上，对数据库结构进行了优化了，并不断增加、丰富标记信息。2011年新增950条记录（其中BGR 320对、BEN 630对)。2012年向分子标记数据库新增SSR标记500多对，目前所收集的SSR标记已达5399条；2013年新增3293对InDel标记；2015年新增SSR标记51083条。截止至目前，油菜数据中心分子标记数据库中标记总数已达59775对，是目前世界上收集芸薹属SSR标记和InDel标记最多的数据库。

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注：查询时候可以使用通配符（*表示0或者若干个任意字符；?表示1个任意字符）。如：输入“MR*”来查询所有以MR开头的油菜分子标记；输入“MR1?7”则可以匹配以"MR1"开头、"7"结尾，中间包含一个任意字符的分子标记。